气相色谱仪可以是毛细管柱的也可以是填充柱的，但是毛细管柱的气相色谱仪分离的质量很高速度很快，色谱很好认清，化学活跃性不高，热稳定性很好。现在技术的发展让柱涂交联固定技术进一步应用到气相色谱仪毛细管柱中，这样就又增添了一个优点，仪器的噪音就很小。

    但因毛细管柱固有内径很细，一般液膜厚也只有几微米，固定液也只能以毫克计，一般柱容量比填充柱低2~3个量级，因此，操作中进样方法与技术成了定量重复性和准确度的主要关键之一。

    当初的毛细管柱的分流进样，对沸点范围宽、挥发性强或热不稳定的样品出现严重的进样歧视现象，使分析重复性变差和定量不准确，为克服毛细管柱的固有不足和分流进样系统的缺陷，随后设计了多种针对不同分析样品、不同规格的毛细管柱，不同分析目的的多种进样系统。

    目前，气相色谱仪毛细管柱分析的样品，主要由气体和液体两大类。气体进样和填充柱基本一样，可采用注射器和进样切换阀进样，优缺点也基本相当。当然对于毛细管柱分析，气体进样遇到的问题可能比填充柱要多一些。例如，载气的流量、分流流量衬管的影响、不同进样技术的最佳选择等都比填充柱气体进样来得严格。